Dihet se Lirim Jakupi ishte përballur me shumë akuza nga drejtësia si ajo vendore, serbe e ndërkombëtare për krime lufte.

Për veprat e kryera në Maqedoni gjatë periudhës shtator-dhjetor 2014, Lirim Jakupi akuzohej nga EULEX-i. Ndaj Jakupit edhe ishte ngritur aktakuza për kryerje të vrasjes së rëndë në tentativë, shkaktim të lëndimit të rëndë trupor dhe sulm kundër personave zyrtarë gjatë kryerjes së detyrës.

Rasti sipas EULEX-it ka të bëjë me pretendimet që i pandehuri, në shtator dhe në dhjetor 2004, ka sulmuar dhe ka hapur zjarr ndaj zyrtarëve policorë në Shkup dhe në Tetovë duke iu shkaktuar lëndime të rënda.

EULEX pretendon se Lirim Jakupi iku nga vendi i krimit. Ai u arrestua në Kosovë në janar të vitit 2014 dhe prej atëherë ka qenë në paraburgim. Ky ishte një hetim i përbashkët i kryer nga hetuesit e EULEX-it të njësitit të krimit të organizuar së bashku me prokurorët dhe hetuesit nga Republika e Maqedonisë ka sqaruar EULEX-i.

Ai përjetoi burgjet e UNMIK-ut, burgjet e Kosovës, EULEX-it, Maqedonisë, KFOR-it, Serbisë dhe shumë procese tjera.